福爾摩沙衛星三號，又稱福衛三號，於2006年4月15日在美國加州范登堡發射升空，屬於氣象衛星星系，有「太空中最精準的溫度計」之美譽。透過福衛三號星系所擷取的資料，可運用於全球氣象預測數值模式和區域氣象預測數值模式的演算，被評為對未來氣象測候最具影響力的系統之一。我國中央氣象局及全球各氣象中心，如歐盟、美國、法國、日本、韓國和加拿大等已將資料納入數值天氣預報作業系統中，進行逐日全球天氣分析及作業預報，福衛三號不僅使氣象報告具有實際的效益，亦可用於長時間之氣候變遷現象之研究、對電離層進行動態監測、進行全球太空天氣之預報、和提供地球重力研究等相關科學研究。

福爾摩沙衛星二號(FORMOSAT-2) 於2004年5月21日1:47（台灣時間）在美國加州范登堡發射場成功發射，運行於高度888公里、傾角99.1 度的太陽同步軌道上。

福衛二號攜帶遙測照相儀(Remote Sensing Instrument, RSI) 和高空大氣閃電影像儀(Imager of Sprite and Upper Atmospheric Lightening, ISUAL)；RSI影像解析度黑白2 公尺、彩色8 公尺、刈幅24 公里，具備每日重複軌道、高度夠高、視野夠廣，甚至可照得到南北極點，當時是世上唯一可對全球每天照相的遙測衛星。2004年6月4日遙測照相儀拍攝到第一張遙測影像，2004年7月4日高空大氣向上閃電儀首次觀測到高空大氣發光現象(First Sprite)。

國研院依據立法院2002年5月24日第5屆第1會期第17次會議審後三讀通過，並經總統2002年6月19日華總一義字第09100121480號公布之「財團法人國家實驗研究院設置條例」，於2003年6月1日揭牌成立。